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基于OpenMP的分子动力学并行算法的性能分析与优化
白明泽 程丽 豆育升 孙世新
计算机应用
2012, 32 (01):
163-166.
DOI: 10.3724/SP.J.1087.2012.00163
为提高分子动力学模拟在共享内存式服务器上的计算速度，对基于OpenMP的分子动力学并行算法(Critical方法)进行了性能分析与优化。通过在多核服务器上的测试,以及加速比和并行效率的计算分析了Critical方法的并行性能，进而提出优化的三角形方法。所提方法中每个线程所计算的粒子数固定，且粒子数目呈阶梯状上升，使得各线程能够错时到达临界区。从而使程序在临界区的闲置时间比Critical方法减半，加速比明显提高。
参考文献 |
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